Pilote, en deux parties : JAG Le Lieutenant Angela Arutti, Officier d'Interception Radar (R.I.O), aide à abattre deux migs au dessus de la mer Adriatique. De retour sur le porte avion où elle est stationnée, elle rencontre son mari (dont personne ne connaît l'existence). Peu après, Angela passe par dessus bord. C'est elle suicidée, l'a-t-on aider à tomber... Le Lt. Harmon Rabb Jr et sa coéquipière, le Lt jg Pike, avocats du JAG mènent l'enquête.

Episode 2 : Shadow Le Sous-marin américain USS Tigershark, est en mer pour tester une nouvelle génération de torpilles capables de suivre leur cible avant de la couler. L'homme chargé de faire fonctionner l'arme en prend le contrôle et la redirige sur un bâteau de croisière, menaçant de le détruire si on ne lui remet pas une rançon de 40 millions de dollars. C'est au Lt. jg Mag Austin, avocat du JAG, nouveau partenaire de Rabb et officier d'armement qu'il revient de stopper la torpille.

Episode 3 : Desert Son Pendant des manoeuvres, un Lieutenant du corps des marines, Jay Williams, donne de mauvaises coordonnées à l'artilleur, les obus frappent une équipe de reconnaissance, un marine trouve la mort. Tout le monde pense que Williams s'en sortira facilement, en effet, il est le fils d'un général. C'est sans compter Harm et Meg, la meilleur équipe du JAG.

Episode 4 : Brig Break Harm et Meg, sont chargés d'enquêter sur le vols de missiles dans la base navale Seatac. Alors qu'ils interrogent le voleur, Quinn, se produit une tentative d'évasion, et Austin est prise en otage. Contrairement à l'officier chargé de l'affaire, Rabb pense qu'ils ont à faire à une tentative très bien préparée aux buts plus important qu'à première vue...

Episode 5 : Deja Vu Le duo enquête sur l'assassinat de plusieurs membres de la Navy. Harm pense que le coupable est l'Ambassadeur Thai, Meg n'en est pas sûr. Cet épisode met l'accent sur une partie de la vie personnelle du Lt. Rabb.

Episode 6 : Pilot Error Un chasseur Tomcat teste un nouveau system d'auto-pilotage. Lorsque l'avion s'écrase, causant la mort du pilote, on croit à une erreur humaine. Ce n'est pas l'avis de Rabb ancien pilote lui-même et meilleur ami du mort. Il tentera de prouver qu'il a raison au péril de sa vie.

Episode 7 : War Cries Un marine membre de la guarde de l'Ambassade américaine au Pérou tue un jeune péruvien. Les citoyens péruviens crient au meurtre et réclament justice. Pour sa défense, le marine affirme que le mort faisait partie d'un groupe terroriste. Harm et sa partenaire son chargés de l'enquête sur place, pour trouver la vérité sans heurter les enjeux politiques.

Episode 8 :Scimitar Deux marines, passent accidentellement la frontière irakienne, alors qu'ils recherchaient une oasis.ils sont accrochés et l'un d'eux perd la vie. Le survivant est fait prisonnier et accusé d'espionnage. La Navy envoie ses deux meilleurs avocats pour le défendre : Harmon Rabb et Meg Austin.

Episode 9 : Boot Une femme membre du Corps des Marines est recallée à la fin de ses classes. Le lendemain, on la retrouve pendue à la Tour. Suicide ? Meurtre ?

Episode 10 : Sightings Une jeune fille est portée disparue, cela a peut être un rapport avec le fait qu'on ait été témoin d'apparitions d'OVNI autour de l'ancienne base navale, non loin. A son arrivée, le duo découvre qu'il y en a plus derrière cette disparition qu'on a bien voulu le faire croire.

Episode 11 : The Brotherhood Lors des manoeuvres, un marine est retrouvé à moitié mort. La Navy penche pour un cas de racisme lorsque d'autres soldats noirs sont retrouvés tabassés. Mais Harm et Meg découvrent vite que le motif est tout autre et à sûrement à voir avec le trafic de drogues.

Episode 12 : Defensive Action Harm obtient une promotion, pour sa première affaire en tant que capitaine de corvette, il doit défendre Tom Boone, le CAG du Seahawk. En effet, pendant une mission au dessus de la Bosnie, un équipage de F-16 à dû s'éjecter, pour les protéger le Capitaine Boone a descendu un hélicoptère qui leur tirait dessus. La court-martiale l'accuse d'avoir agit par esprit de revanche.

Episode 13 : Smoked Première apparition d'A.J Chegwidden : il est le nouveau JAG. Un Tomcat doit effectuer un atterrissage d'urgence à Cuba. Harm Meg et le Capitaine de frégate Krennick, accompagnés du sous-secrétaire d'Etat son chargés de négocier le retour du pilote et de son appareil, qui contient des données classées.

Episode 14 : Hemlock Meg Austin reçoit accidentellement un fax adressé à un certain Sheperd. Plus tard, un homme en uniforme de la royal Navy, demande à récupérer le document, après quoi il tire sur Austin, qui est sérieusement blessée. Harm et Krennick tentent de découvrir pourquoi ces papiers sont ci important et qui est Sheperd.

Episode 15 : High Ground Le Gunnery Sergeant Crockett forme les futurs snipers au boot camp de Quantico. Pour attirer l'attention de son officier commandant, qui le rend furieux, il lui tire dessus et le rate. Harm est chargé de sa défense.

Episode 16 : Black Ops Harm et Meg enquêtent sur un cas de mort suspecte, et découvre qu'un officier supérieur (un général) est peut-être incriminé dans un cas de trafic de stupéfiants.

Episode 17 : Survivors Harm essaie d'aider un véteran du Viet Nam divorcé, qui a kidnappé son propre fils pour passer du temps avec lui avant qu'avec sa mère il déménage au loin. Le Colonel, croit que l'enfant est la réincarnation d'un de ses amis mort au Viet-Nam.

Episode 18 : Recovery Un exercice d'évacuation d'une équipe d'astronautes cause la mort d'un officier à cause d'un câble rompu. Harm et Meg enquêtent et découvrent que le câble en question a été saboté.

Episode 18 : The Prisoner Lors d'un voyage en bâteau près de Hong-Kong, Rabb est fait prisonnier par les chinois qui veulent connaîtrent la position militaire des USA au cas où ils essaieraient de prendre deux îles taïwanaises par la force. Ils utilisent plusieurs formes de torture mentale pour arriver à leur fins, lui faisant croire entre autres que sont père se trouve dans la cellule voisine. Meg Austin et Allison Krennick, tentent de le sortir de là.

Episode 20 : Ares Harm aidé de son ancienne coéquipière et du Comdr. Brockman, enquête sur la mort d'un officier de marine qui travaillait sur un nouveau système de défense. Lors du test de ce système, apparaît un disfonctionnement, il est désormais impossible de contrôler le bâteau.

Episode 21 : Skeleton Crew (vous voulez savoir pourquoi vous n'avez pas pu voir la suite de "Suspect" cliquez sur le lien) Diffusé sur le câble (USA Network le 5 décembre 1999). voir aussi Death Watch La meilleure amie de Harm, le Lt Diane Schonks -jouée par Catherine Bell- (sa petite amie même -à ce sujet, voir l'intéressante théorie de Shirley sur Full Review-), est violée et assassinée en voulant le rejoindre lors d'une permission. Le principal suspect, un lieutenant dont s'était plainte Diane pour ses avances déplacées, semble s'être suicidé après avoir été agressé par Harm, au désespoir. Harm est alors arrêté par l'inspecteur de police pour ce double meurtre, qui avait tout tenté pour lui faire retirer l'enquête, en dépit de l'aide d'Allison Krennick. A noter, la présence du Lt Bud Roberts, futur coéquipier de Rabb et MacKenzie Résumé rédigé par Jeff.