Episode 1 : Ghost Ship L'USS Hornet est un porte avion désarmé, pendant la guerre du Viet-Nam, Harmon Rabb Sr. a servi à bord de ce vaisseau. Mais aujourd'hui, à son bord, on cherche à savoir si l'on pourrait le "recycler" et deux ouvriers découvrent un squelette... qui était ce ? est il mort accidentellement, vicitime d'un accident, ou a-t-il été tué ? et si oui, par qui. Le JAG enquête et Harm en profite pour replonger, à l'aide de cassettes audio, dans les souvenirs de son père et du Hornet. Quelles découvertes tant d'ordre privées que "publiques" le tandem Mac/Harm va-t-il faire ??

Episode 2 : The Court Martial of Sandra Gilbert Sandra Gilbert, officier et meilleur pilote d'hélicoptère de classe cobra de sa promotion, est inculpée par son supérieur le Lt. Col. Turner de "fraternisation" avec un sous-officier et désobéissance ; ce qui est formellement interdit par le règlement. Harm et Mac viennent enquêter mais à leur arrivée, la court martiale est inévitable, la plainte ayant suivi sont cours. Harm choisi donc de défendre l'officier lors de sa court-martiale. Une court martiale qui apparemment n'avait pas lieu d'être étant donné le fait que la relation en question était purement platonique. Harm aidé de Bobbi Latham, fervente défendeur des droits de la femme au Congrès défendront aux mieux les intérêts de Sandra Gilbert. Y parviendront-ils ??

Episode 3 : The Good of the Service Haïti, une équipe de marines est prisonnière des rebelles. Le gouvernement américain, après plusieurs semaines d'attente et après avoir tenté de résoudre la crise diplomatiquement, envoie un commando récupérer leurs frères d'arme. Lors de l'évasion un coup de feu est tiré, qui alerte les gardiens et les autres rebelles, s'en suit une violente fusillade.Malgré la réussite de l'opération à strictement parler (les prisonniers sont libres) Un grand nombre de civils sont tués et parmi eux, des femmes et des enfants. Le commandant de l'opération sur le terrain, le Lt. Col Farrow est poursuivi pour avoir désobéi à un ordre direct étant donné qu'il n'a pas attendu le feu vert de Washington pour démarer l'opération pour permettre a ses hommes d'évacuer. Harm et Mac sont l'accusation et l'Amiral Chegwidden est l'avocat de la défense.

Episode 4 : Blind Side Pendant un exercice de routine, lors d'un vol en formation, l'un des Tomcats entre en collision avec un le pylone d'une ligne à haute tension. Le pilote et son RIO (officier d'intervention radar) sont forcés de s'éjecter. L'avion de combat tue deux civil alors qu'il sécrase au sol. Le pilote et son supérieur, qui se trouve être l'ancien instructeur de Harminvoquent un brusque courant descendant imprévisible. Alors qu'un témoin affirme que l'avion faisait du rase motte sans raison. Mais d'autres questions restent sans réponse et Harm et Mac enquêtent.

Episode 5 : Le Roi des Puces Dans une rue de Washington, plusieurs passants se sont arrêtés pour voir et écouter jouer, un homme en fauteuil roulant, un vétérant du Viet-Nam et prisonnier de guerre, Willie qui gagne sa vien avec son accordéon. Dans la foule, il reconnait un homme, un asiatique, qu'il poignarde. Willie se rend au JAG et confesse un meurtre ... ayant eu lieu il y a plus de trente ans, au Viet-Nam. Les membres du JAG ne savent pas top comment le prendre, mais il semble pouvoir fournir des informations valables sur plusieurs personnes portées disparues lors du conflit y compris le père de Harm. Déjouant la police, qui le recherche pour le meurtre de l'asiatique, le JAG intérogera Willie pour découvrirune vie passée et une vérité douloureuse.

Episode 6 : Disparu Dans le triangle des bermudes, un F-14 disparait corps et âmes, avec ses deux pilotes à bord. L'appareil était armé de ses missiles, le JAG envoie ses meilleurs officiers accompagnés de Bud pour enquêter sur le porte-avions où l'escadrille du disparu est stationnée. De la disparition pure et simple (une hypothèse que le Lt. jg Roberts affectionne particulièrement) au détournement, toutes les hypothèes sont envisagées, comment Harm et Mac pourront-ils découvrir la vérité aux milieu de toutes ces légendes ?

Episode 7 : Against All Ennemies Lors d'une manoeuvre, le missile d'un tomcat est lancé accidentellement, touchant un avion de ligne coréen et tuant 31 civils. La situatuion est explosive et le JAG doit tirée la situation au clair le plus vite possible. Plusieurs questions doivent trouver leur réponse : pourquoi un avion civil se trouvait dans une zone d'exercice pour la marine, comment le missile a pu être tiré alors qu'il était verouillé, qui est en faute. La découverte d'étranges signaux radios émis depuis le porte avions, favorise la thèse de la présence a bord d'un espion qui a plannifié un accident aifin de mettre le gouvernement US en mauvaise posture.

Episode 8 : Above and Beyond Après avoir porté secours à un diplomate aux prises avec des terroristes libanais, le Lt. Curtis Rivers est présenti pour recevoir la plus haute décoration des Etats-Unis d'amérique : le ruban à 5 étoiles, la Médaille d'Honneur du Congrès. Suivant la procédure, le JAG enquête sur le passé et les états de service de Rivers afin d'être sûr que l'officier est moralement au dessus de tout soupçon. En questionnant les hommes de Curtis Rivers, Harm et Mac apprennent qu'il est un homme téméraire et insouciant, qui ne s'inquiète pas de mettre ses hommes dans des positions de danger extrème. Cependant que Rivers lui-même refuse toute collaboration avec les avocats du JAG.

Episode 9 : Impact Lorqu'un hélicoptère du corps des Marines entre en collision avec un appareil non-identifié causant la mort d'un membre de l'équipage, le JAG se voit retirer l'affaire au profit de la DSD (Defense Security Division). Frustré de la façon dont lui et son partenaire Bud sont traités, Harm refuse de laisser tomber l'enquête, par ailleurs trop vite bouclée à son goût. Il continue à chercher la vérité avec l'aide de Bud. De son côté, Mac se voit ofrir un poste (civil) dans le prestigieux cabinet d'avocats de Dalton Lowne. Insatisfaite de sa situation au JAG (travail de bureau et papiers administratifs une grande partie de la journée), Mac considère sérieusement cette option.

Episode 10 : People v. Rabb Harmon Rabb emploie son temps libre a enquêter sur son père, porté disparu au dessus du Viet-Nam ; convaincu qu'il est de la possibilité qu'il soit encore en vie, et après avoir eu la preuve qu'il fut transféré en Russie (voir ep. Hornet) il prend contact avec un homme susceptible de lui donner des renseignements. Ils se retrouvent dans un hangar abandonné. Malheureusement, le contact de Rabb, un tueur membre de la mafia russe, est tué par un mystérieux colonel. Le FBI qui suivait Kolaplanik (le mort) retrouve Ham, un pistolet encore fumant en main les yeux fixés sur le cadavre. Il est arrêté, Chegwidden s'emploie à lui obtenir des avocats militaires en même temps qu'une court-martiale. C'est cependant Mac, désormais avocate civile qui le défendra lors de son procès. Mac qui, désillusionnée par son expérience dans le cabinet de Dalton, demandera à revenir au JAG.

Episode 11 : Defensless Dans son appartement, l'enseigne de vaisseau Elizabeth Lane, tire sur l'attaché militaire turque (pour qui elle travaille) et affirme qu'il s'agit d'un acte de self défense. Un état de faits uniquement basé sur son intuition. Le dossier avec lequel Harm doit travailler est excessivement pauvre. De plus, il semble que l'e,nseigne Lane doive-t-être sacrifiée sur l'autel de la diplomatie afin de préserver les relations relativement bonnes entre Turqui et Amérique. Un travail ardu pour Harmon Rabb.

Episode 12 : Someone to watch over Annie Josh, le fils de Luke Pendry, le pilote mort durant l'épisode Pilot Error, se sépare de son groupe alors que sa classe visite la base aérienne d'Andrews. Il se rend dans un hangar ou est parqué un Tomcat, l'avion que pilotait son père... Harmon Rabb, lui a montré comment monter a bord, il descent l'échelle, gravit les échelons et se retrouve bientôt a bord de l'avion de combat... de la il est le témoin d'un meurtre. Annie, sa mère demande l'aide d'Harmon Rabb. Grâce à Webb, Harm apprend que le meurtre implique des trafiquants d'arme que la CIA essaie de coincer depuis des mois. Au bureau, l'Amiral en veut toujours a Mac, reléguée aux tâches subalternes...

Episode 13 : With Intend to Die L'Amiral A.J. Chegwidden, ne croit pas au soi-disant suicide qu'aurait commis son mantor lors d'une partie de chasse : le Vice Amiral Bill Clancy. Le JAG envoie donc ses deux meilleurs avocats pour enquêter, lorqu'il s'avère que les données ammassées par le tandem pointent eux aussi vers la thèse du suicide, AJ prend lui même en main l'investigation. La mort d'un second Amiral, cette fois ci sans aucun doute possible un meurtre, prouve l'exactitude de l'hypothèse de Chegwidden. L'enquête continue.

Episode 14 : Father's Day Le caporal Wetzel, pilote de char d'assault, est inculpé de manquements aux devoirs, une attitude qu'il attribue à ses problèmes familiaux, notamment la bataille qu'il livre en ce moment pour l'obtention du droit de garde de son enfant. Le cas est simple, mais Harm et Mac, accompagnés de Bud sont chargés de défendre le caporal durant sa cour martiale. Mac par ailleurs obtient que Dalton représente Wetzel lors de son audition pour l'obtention du droit de garde; pendant que le JAG s'occupe du reste. Mais les craintes de Wetzel pour son enfant compliquent les choses.

Episode 15 : Yesterday's Heroes Une frégate de la marine américaine, travaillant en tandem avec les guardes côtes de Floride, donne deux oups de semonce à la proue d'un yacht suspect, le deuxième coup semble avoir touché l'embarcation et elle est envoyée par le fond. Harm, Mac et Bud, qui doit rencontrer ses futurs beaux-parents lors de l'enquête, sont envoés pour découvrir ce qu'il s'est passé. Mais s'il est avéré que Bronko Mensoza, qui pilotait le yacht, est un trafiquant de drogue, il est aussi le fils d'un haut dignitaire colombien et bénéficie de l'immunité diplomatique. Les indices mènent le trio à trois retraités de la Navy trois hommes grenouilles, spécialistes en explosifs qui avaient miné le bateau...

Episode 16 : Chains of Comand A bord de l'USS Seahawk, le quartier maître Douglas responsable d'un incident qui aurait pu s'avérer grave est envoyée rendre compte à son supérieur, le premier maître Sullivan. Après quoi elle se rend au JAG afin de porter plainte pour harcellement sexuel à l'encontre de Sullivan. D'après elle, il aurait offert de parler en sa faveur en échange d'une relation sexuelle. Douglas ne semble pas être aussi digne de confiance que le Premier Maître et cela semble se diriger vers un Parole contre Parole une situation délicate pour Harm et Mac. Douglas est représentée par Dalton Lowne.

Episode 17 : The Stalker Mac suspect Dalton, avec qui elle a rompu, de la harceler. Cependant, Dalton est tué et le harcelement (téléphone, lettres) ne cesse pas, mettant en lumièredes pans entiers de la vie privée de Mac. Dans le même temps, Mac continue son travail au JAG. Bud et Harriet ne sont pas à prendre avec des pincettes et la fille de l'Amiral est en ville.

Episode 18 : Tiger, Tiger Harm emmène Josh faire une "croisière Tigre" sur un vaisseau de la marine. Ce sont des croisières organisées par les membres de la marine pour les enfants de leurs officiers. Mais il dit à Annie qu'ils partent faire une partie de pèche. Alors que le bâtiment croise dans la baie de Mexico, il est pris d'assault par des révolutionnaires cubains ; qui veulent se servir de ses missiles longue portée pour tuer Fidel Castro et des miliers de civils avec lui puisqu'il tient un meeting dans un stade de la Havane. Avant d'être découvert, Harm parvient a prévenir le JAG ... et Annie.

Episode 19 : Death Watch Deux ans ont passés mais Harm est toujours hanté par le meurtre de Diane Schonke. Par un coup de chance, et après une longue enquête durant son temps libre, Harm connait le nom du tueur, et il est prêt à tout pour venger la mort de son amie. Il en parle à Mac, en disant qu'il est prêt à agir lui même pour ue le coupable soit puni. Mac arrive chez Harm et se rend compte que quelque chose ne tourne pas rond quand le capitaine se saisit de son arme et sort. Mac est seule sous des trombes d'eau, craignant que Harm ne fasse quelque chose de stupide, elle et Bud tentent de comprendre ce qu'il va faire avant qu'il ne soit trop tard.

Episode 20 : The Imposter Harm est enlevé par Clak Palmer (l'agent de la DSD de Impact) alors qu'il quittait son appartement. Palmer (dans le plus pur style Mission-Impossible) prend la place de Rabb lors du procès durant lequel le capitaine mettait en accusation un officier de l'USMC pour vente illégal d'armes bactériologiques utilisées contre la force de maintient de la paix de l'ONU. Palmer veut faire taire l'officier qui aurait pu révéler des informations comprommettantes pour lui.

Episode 21 : L'esprit de Jimmy Blackhorse Les Anciens de la Tribu Navajo refusent de croire à l'exactitude de l'identification des restes de Jimmy Blavkhorse ; à l'origine d'un cryptage indécodable durant la deuxième guerre mondiale t membre de la tribu Navajo. Le Pentagon, qui cherche à donner le nom du héros à un des nouveaux navires de la marine, veut que l'affaire soit rapidement tirée au clair. Elle est confiée au JAG, précisemment à Rabb et Mackenzie. Aidée par le médecin légiste de la marine le capitaine de corvette Theresa Coulter (guest star Trisha Yearwood, chanteuse de country célèbre). La meilleure équipe du JAG cherche a convaincre les indiens de les laisser faire un prélèvement d'ADN. Un acte considéré comme hautement sacrilège par les membres de la tribu.

Episode 22 : Clipped Wings Lors d'un vol d'entraînement en Italy, un F-14 entre en collision avec un hélicoptère civil causant la mort de 6 personnes. Harm défend le pilote qui affirme qu'il a d'abord évité la collision avec un petit avion de loisir et que l'apparation soudaine de l'hélicoptère ne lui a pas permi de faire quelque chose. L'affaire s'avère particulièrement délicate : l'opinion publique réclame justice et dédommagement des victimes, le gouvernement italien veut se porter partie civile.

Episode 23 : Wedding Bell Blues La veille du mariage de Bud et Harriet. Bud se voit attribuer sa première affaire en tant que procureur. Son père, imbu de lui même et violent, arrive "en ville", accompagné de Mickey, le frère de Bud, pour assister au mariage de son fils. "Big Bud" organise la soirée pour fêter la fin de la vie de garçon de Bud dans une boite de strip tease, il parvient à s'éclipser lorsqu'une bagarre éclate, laissant se débrouiller Harm Bud et l'Amiral ; qui finnissent tous les trois en prison... L'uniforme de cérémonie de Harm est perdu au pressing... bref, un mariage mouvementé

Episode 24 : To Russia with Love (1) Harm met la main sur une photo de son père, elle a été prise en Russie en 1980. Ce qui confirme la théorie selon laquelle son père disparu y a été transféré. Accompagné de Mac, qui, contrairement à lui parle ouramment le russe, il décide de se rendre en russi afin d'enquêter et de trouver enfin une réponse et mettre un terme a sa Quête. Les choses sur place, vont trop bien, et Harm et Mac sont les jouets du KGB... Mais Harm veut trouver les réponses, il parvient a voler un MIG pour se rendre en Sibérie, où son père doit se trouver.