Episode 1 : Gypsy Eyes L'Amiral Chegwidden refuse de croire à la mort de ses deux meilleurs officiers, en effet, le KGB affirme que Harm et Mac sont mort lors d'un tragique accident aérien. En conséquence de quoi l'Amiral se rend à Moscou pour faire sa propre enquête. dans le même temps, Harm et Mac, qui ont survécu au crash, décident de continuer les recherches pour retrouver le père porté disparu de Harm, ce pour quoi il s'étaient rendus en Russie en premier lieu. Avec l'aide de deux Tziganes, ils parviennent à échapper aux agents du KGB lancés à leurs trousses, et Harm apprend enfin la vérité.

Episode 2 : Embassy Enquêtant sur une affaire de kidnapping, Harm et Mac utilisent une réception à l'ambassade comme couverture. Ils sont cependant pris par surprise lorsque des terroristes prennent les digitaires présents (et Mac) en otage. Comment vont-ils se sortir de là ? Harm parviendra-t-il à trouver le fin mot de l'histoire ? Pendant ce temps, Bud commence à penser que les vommissement matinaux d'Harriet sont peut être dûs à autre chose qu'un virus.

Episode 3 : Innocence Harm et Mac (qui fut stationnée à Okinawa et connait bien le pays) sont envoyés en tant qu'observateurs durant le procès pour viol d'un jeune enseigne de vaissau. La victime étant une autochtone, l'opinion publique est virulente et réclame le départ des forces américaines, de plus l'afaire est rendue encore plus délicates par les déclarations à l'emporte pièces et inapropriées de l'officier sous lequel sert l'enseigne.

Episode 4 : Going after Francesca En Italy, la fille de l'Amiral est kidnappée. Aussitôt informé, AJ s'envole pour Naples et revoit son ex-femme de même que son second mari afin de récolter plus d'informations sur les amis (et les ennemis) de Francesca. Chegwidden apprend que sa fille a une relation sérieuse avec l'héritier d'un parrain de la mafia, responsable selon Harm et Mac du vol de plusieurs missiles de la marine. Des missiles qu'il souhaite revendre à l'Irak.

Episode 5 : The Martin-Baker Fan Club Harm se porte volontaire pour défendre Rosco (cf. King of the Fleas) un vétéran du Viet-Nam névrosé accusé d'avoir aidé un de ses camarades, vétéran lui aussi, à se suicider. Cependant que Harm choisit de mettre en valeur le fait que si Roscoe Martin supprime les médicaments des "victimes" c'est pour qu'ils ne subissent plus les effets de somnolence et de confusion qu'ils induisent. La partie civile choisi de souligner que c'est le manque de médication qui a entrainé la mort des patients. Roscoe n'aime pas la direction que prend l'affaire ... sentant que les faits sont contre lui, il organise avec trois autres patients leurs évasion de la maison de repos où ils étaietn pensionnaires. Ils se rendent à l'appertement de Harm et la situation devient inextricable lorsqu'on défouraille et qu'une équipe du SWAT s'introduit dans l'appartement.

Episode 6 : Act of Terror Des milliers de téléspectateurs deviennent de possibles témoins à charge lorsqu'en direct, un marine tire apparement de sang froid sur un terroriste arrêté. Présumé innocent jusqu'au jugement, les suspect ont droit à la meilleur défense possible. Le JAG décide donc de confier cette affaire à Harmon Rabb. Le Major Mackenzie sera le procureur. Le cas semble très clair : c'est un meurtre de sang froid. Mais quand Harm est remplacé par un avocat civil dont la ligne de défense n'est pas mieux fournie que la sienne, lorsque ce même avocat est payé par un industriel de droite... Harm décide de mener sa propre enquête.

Episode 7 : Angels 30 Lors d'un engagement avec des forces hostiles, un as effectue plusieurs manoeuvres d'évitement au lieu de tirer sur le MIG irakien qui l'engageait. Il perd son avion. Interrogé sur la raison de son inaction, il n'a aucune réponse. Plus tard, il surprend ses amis et sa hiérarchie en donnant sa demande de retour à la vie civile. Mais nous ne sommes pas au bout de nos surprises.

Episode 8 : Mr. Rabb goes to Washington Un reportage télévisé sème le doute et l'horreur au sein de l'opinion publique : d'après ce sujet, les forces armées U.S auraient utilisé du gaz sarin contre leurs propres soldats durant la guerre du Golf. Harm est envoyé à Washington afin de faire partie du commité mis en place pour vérifier l'exactitude du reportage. Ce qu'il découvre est tellement inattendu qu'il ne peut en parler sans la déposition d'un témoin clé, toujours porté manquant...

Episode 9 : People vs. Mac "Où l'on prend connaissance d'une partie du passé tumultueux de Sarah Mackenzie". Le major est arrêté et inculpée, elle doit répondre d'une accusation de Haute Trahison et meurtre a upremier degré, de même que son ancien C.O et mentor : le Lt. Col Farrow. Si elle est reconnue coupable la peine sera lourde... Mais A.J a choisi Harm pour la défendre.

Episode 10 : The Black Jet L'ancien camarade de chambre de Harm, est retenu prisonnier par les iraniens en vue d'un procès. En effet, son avion espion, après avoir subi des ennuis mechaniques a du attérir en catastrophe. Lorsque Harm et Mac arrivent pour le défendre l'officier laisse entendre que l'histoire est plus compliquée qu'il n'y parait.

Episode 11 : Jaggle Bells Mac fait partie d'un programme typiquement américain de "tutorat" c'est à dire qu'elle s'occuppe à titre bénévole d'un enfant dont le milieu familial est difficile. Lorsque sa "petite soeur" arrive au Quartier Général du JAG en affirmant qu'elle s'est enfuie de chez elle pour échapper à un père violent, le Major tente de résoudre tous les problèmes à la fois ; tentant de retrouver les parents absents et donner suite à la plainte de Chloé contre son père. Pendant ce temps, Harm passe son après midi à interroger une charmante docteur du service de santé, accusé d'avoir trop bu...

Episode 12 : Dungaree Justice (1) Harm et Mac sont la partie civile dans le procès de trois marins accusés d'avoir battu un homme à mort. Les marins affirment que leur victime avait violé leur camarade de chambre.

Episode 13 : War Stories (2) Bud, encore inexpérimenté, doit défendre un commando de marine (SEAL) accusé de meurtre au premier degré résultant d'un refus d'obéir à un ordre direct. A.J est forcé de prendre ses vacances en retard et devient consultant pour la télévision.De ce fait, Harm est à la tête du JAG.

Episode 14 : Webb of lies Harm et Mac sont chargés d'enquêter sur la mort de l'agent Clayton Webb après que son corps carbonisé ait été retrouvé à bord d'un navire en feu. Mais Webb est il vraiment mort, que faisait-il sur ce bateau ?

Episode 15 : River's sun Le Lt. Curtis Rivers est un commando de marine américain, un SEAL, membre d'une des forces armées les mieux entrainées au monde. Il s'est vu attribué la Médaille d'Honneur du Congrès, la plus haute distinction militaire américaine. Ce jour là, pendant une mission d'entraînement on lui tire dessus ; automatiquement il répond ... et découvre qu'il vient de tirer sur un gamin de 14 ans. Pendant leur enquête, Harm et Mac découvrent que l'enfant accompagnait sans doute son oncle, un fugitif recherché par le FBI.

Episode 16 : Silent service Harm et Mac ne sont pas à prendre avec des pincettes et ils ne se supportent plus ... Pour arranger le tout, ils sont envoyés sur un sous-marin, afin de découvrir pourquoi il a dévié de sa route et fait surface hors de sa route, coulant un navire norvégien en pleine régate. L'enquête s'annonce longue avec les deux protagonistes qui cherchent à s'éviter (sans grand succès sur un sous-marin) alors qu'ils devraient travailler ensemble.

Episode 17 : Nobody's Child Harm découvre le corps sans vie d'une petite fille visiblement battue, et victime de malnutrition. Profondémment choqué, il s'investit personnellement et demande l'aide de Theresa Coulter dans ses recherches pour identifier la fillette et retrouver le tueur.

Episode 18 : Shakedown Un expert civil a bord d'un porte avion est chargé de mettre a jour les systèmes électroniques du bâtiment. Lorsque ceux ci tombent en panne en eau hostile, alors que des F-14 attendent de pouvoir aterrir, l'expert est soupçonné de sabotage. Harm et Mac cherchent à découvrir les motivation du saboteur. Pour Harm, le temps passé sur le porte-avion lui donne un peu plus envie de voler à nouveau, à mesure qu'il parle avec les pilotes. Mac craint que son désir de piloter ne soit plus fort que celui d'être un avocat...

Episode 19 : The Adversaries Bud a obtenu son diplôme et il est maintenant un avocat du JAG a part entière. Sa première affaire n'est pas facile, il doit défendre son père, un premier maître à la retraite, accusé d'avoir volé la marine pour revendre le matériel au noir lorsqu'il était en charge des magasins du navire. Bud se sent obligé envers son père, qui l'a fait demandé spécialement, même si ses relations avec lui ne sont pas des meilleures. Harm est le procureur.

Episode 20 : Second Sight Harm demande a subir une opération chirurgicale pour corriger sa vision nocturne défaillante. Mac doit faire face à ses démons lorsque sa mère, de qui elle s'est considérablement éloignée, se montre au chevet du père de Sarah, son mari, mourant.

Episode 21 : Wilderness of Mirrors Harm hésite à révéler à sa petite amie psychiatre que, comme un de ses patients, il a des visions : il croit voir son père. Dans le même temps, l'Amiral se prépare à plaider à la Cour Suprème.

Episode 22 : Soul Searching Accompagné de Chegwidden, Webb se rend en italie pour faire évader un agent de la C.I.A retenu prisonnier par des terroristes. Au JAG, la corvette "tant aimée" de Harm est volée.

Episode 23 : Yeah, Baby Harriet est bientôt à terme, Bud est au tribunal en plein milieu d'une affaire impliquant une sergent des marines enceinte. Mac de son côté sent tiquer son horloge biologique alors qu'elle dit au revoir à Chloé. Lorsque le sergent et Harriet entrent en travail en même temps, le défi ne peut être relevé que par un SEAL. Harm quand à lui demande à l'amiral d'intervenir en sa faveur afin de redevenir pilote dans l'aéronavale.

Episode 24 : Goodbyes Harm se retrouve face à face avec le tueur de la petite Annie (Nobody's Child) alors qu'il reconsidère son avenir au JAG. Charlie, le tueur, poursuit la soeur d'Annie, Harm met sa carrière entre parenthèse pour protéger l'enfant.