Episode 1 : King of the Greenie Board Harm est affecté à l'escadrille de chasse de l'USS Patrick Henry (les scènes ont été filmées en extérieur, à bord de l'USS C. Stennis).Le lieutenant Elizabeth "Skates" Hawkes (dèjà vue dans Crossing the Line est son Officier d'Interception Radar (R.I.O). A peine arrivé, il doit déjà affronter un jeune pilote, arrogant et sur de lui, tout en étant l'officier juridique de son escadron. Lors d'une patrouille de reconnaissance dans la zone d'exclusion aérienne de la Yougoslavie, Le jeune pilote, Buxton, ouvre le feu, sans respecter les règles de combat sur un blindé qu'il croit être serbe... et qui s'avère être russe. Il demande à Harm de le tirer de ce mauvais pas.

Episode 2 : Rules of Engagement Mac est envoyée à bord de l'USS Patrick Henry, elle est chargée avec Bud de mettre Buxton en accusation, tandis que, contre toute attente, Harm aidé de Mic se charge de la défense du pilote. Harm ne pourra pas témoigner contre lui, l'affaire s'annonce difficile, l'action irréfléchie de Buxton a crée un incident diplomatique international, les russes réclament une sanction exemplaire, la Navy un jugement équitable, et Buxton souhaite être acquité. C'est finalement le CAG qui après le verdict donnera le fin mot de l'histoire.

Episode 3 : True Callings Le Quartier Maître Curran, succombe aux prières d'une femme enceinte, qui souhaite fuir son mari car elle craint qu'il ne la tue. L'officier juridique du bord, inexpérimenté, souhaite défendre cette affaire. Pendant ce temps, Harm et son ailié volent une mission dangereuse au dessus de la Serbie, lorsque Tuna est touché, Harm tente une manoeuvre audacieuse, et en le pouissant avec la crosse d'apontage parvient à remorquer le Tomcat jusqu'à la mer. Les deux officiers s'éjectent sans problème. Pendant son temps libre, l'ex avocat assiste à la court martiale de Curran et prodigue ses conseil au jeune défenseur ; parvenant ainsi à sauver la carrière du jeune officier-marinier. Le CAG, lui fait comprendre qu'après son sauvetage spectaculaire il n'a plus rien à prouver et qu'il doit rentrer au JAG où est sa vraie place.

Episode 4 : Retour au JAG Harm est de retour au JAG, et à du mal à retrouver sa place parmi ses anciens collaborateurs. Bud, semble avoir déployé ses ailes, et est plus à l'aise. Mac et Brumby travaillent en équipe ... Rabb, bien que nouvellement décoré ses sent à la traîne, et l'amiral choisi de lui confier l'affaire du mois pour lui redonner du coeur au ventre : il doit défendre le Lt. Nelson, le fils du SECNAV, accusé de négligence coupable.

Episode 5 : Front and Center Un caporal des marines est témoin d'une tentative de viol et vient en aide à la victime, mettant en déroute le criminel. Pourtant, lorsque Harm lui demande de témoigner, le marine déserte. Pour pouvoir faire condamner le violeur, Harm doit le retrouver. Mac quant à elle, défend un jeune officier-marinier, accusé d'avoir fait passer de la marijuana en contrebande. Son témoin clé : le chien qui a désigné ses bagages comme contenant.

Episode 6 : Psychic Warrior Dans un laboratoire, un lieutentant de marine se tue, croyant s'éjecter d'un avion de chasse. Harm et Mac découvrent que le Lt. faisait partie d'un projet de recherche sur les phénomènes psychiques. L'amiral qui dirige les travaux est inculpé, Harm qui prétend avoir l'esprit ouvert le défend et Mac, qui éprouve une certaine réticence envers le paranormal, est chargé de l'accusation. Chacun lance ses arguments, pourtant, Sarah finira par accepter une peine des plus légères, après avoir fait une expérience troublante.

Episode 7 : Rogue Du fait de sa position de plus jeune avocat au JAG, Bud Roberts est chargé d'accompagner Raglan, un ancien membre des forces spéciales chargé de tester la fiabilité et le système de surveillance des bases militaires américaines ; en tant qu'officier observateur pour les questions juridiques. Mais durant l'une de ces opérations, Raglan désobéi aux ordres et vol un sous marin, menaçant de détruire New-York si on ne lui verse pas une rançon de 100 000 dollars. Harm tente de négocier.

Episode 8 : The Colonel's Wife Harm et Mac sont envoyés à Panama, chargé de l'enquête sur Olivia Dunston, la femme d'un officier des marines commandant le programme de lutte contre la drogue. Elle est soupçonnée de trafic de drogue. La situation est délicate, les états de services du colonel sont irréprochables, mais il se peut qu'il soit complice, et si c'est le cas, la lutte anti-drogue perd toute crédibilité. Harm et Mac aidés par le NCIS, vont devoir enquêter rapidement et discrètement.

Episode 9 : Contemptuous Words Harm doit comparaître en cour martiale, après qu'il ait été établi qu'il a envoyé un article diffamant le Président à un grand journal national. Rabb clame son innocence, et une faction ultra-conservatrice du gouvernement lui propose les services de l'un de ses meilleurs avocats. Mais le capitaine de corvette, en route pour ses galons de capitaine de frégate, est mal à l'aise, ne partageant pas toutes les idées politiques de ses "alliés"ni leurs idées publicitaires et l'utilisation abusive des médias. Aidé de Bud, il mène lui même l'enquête, qui le mènera de Palmer aux arcanes de la politique-spectacle.

Episode 10 : Mishap Elizabeth Hawkes, l'ancien RIO de Harm, désormais officier d'apontage sur l'USS Patrick Henry, est accusée de manquements aux devoirs après le crash d'un F-14 sur le pont. Harm est chargé de la défense et Mac représente le ministère public. Harm choisi de plaider non-coupable, et base sa défense sur le manque d'effectifs et la réduction des budgets de la marine, allant jusqu'à faire citer Bobbi Latham, mebre du Congrès. A qui la faute ?

Episode 11 : Ghosts of Christmas Past Comme à chaque réveillon de Noël, Harm se recueille devant le Mur, ou sont gravés tous les noms des victimes de la guerre du Viet-Nam. Il y fait la connaissance de Jenny Lake, qui elle aussi, venait se souvenir de Harm Sr. Elle l'a connu durant le réveillon de Noël 1969, son dernier Noël, et elle s'emploie à rappeler les souvenirs, racontant au fils les dernières heures du père en tant qu'officier de l'aéronavale.

Episode 12 : Into the Breech Harm et Mac ressortent des cartons une affaire vieille de dix ans, afin de mettre en place un tribunal fivtif pour un groupe d'étudiants de l'école navale. A l'époque, l'enquête mené par Chegwidden avait conclu que l'accusé, un capitaine d'arme, avait fait explosé un bâtiment tuant 29 marins, lui compris. Mais lorsque la "défense" aidé de Mac et le procureur aidé de Harm, mettent à jour de nouveau faits, il faut rouvrir le dossier.

Episode 13 : Life or Death Il y a 14 ans, un marine tirait sur son peloton, tuant 3 marines, en blessant 7 autres. Il fut condamné à mort. Aujourd'hui, toujours en attente du verdict, il fait appel. C'est Mac, partisante de la peine de mort, qui est chargée de son appel ; tandis que Brumby se charge de l'accusation.(rappelé en Australie, c'est Harm qui se chargera de la plaidoirie finale). Mac choisi de plaider l'incompétence du premier avocat, qui avait négligé les circonstances atténuantes ... sans savoir que cet avocat était le capitaine de frégate A.J. Chegwidden.

Episode 14 : Cabin Pressure Harm est enfermé à fond de cale dans un navire en train de couler, il partage son sort avec un marin accusé de meurtre et un garde. La seule échapatoire est bloquée par la chute de matériel de secours. L'eau s'engouffre dans le compartiment ou les trois hommes sont piégés ... La situation est désespérée.

Episode 15 : Boomerang (1/2) Le capitaine Brumby demande l'aide de L'Amiral Chegwidden lorsqu'un officier de la marine américaine soit disant tué par un marin australien il y a de cela 28 ans refait surface. L'amiral envoie Harm sur place. Interrogé, Lee prétend avoir tué l'australien et dans la panique, ne sachant que faire, il aurait échangé son identité et celle du mort. Accusé de désertion et de meurtre, Harm est chargé de la défense de Lee, alors que Mic se charge de la mise en accusation. L'histoire prend un tour plus personnel pour les deux officiers lorsque Mac fait son apparition à Sydney et Mic choisi ce moment pour tenter de la faire choisir entre Harm et lui.

Episode 16 : Boomerang (2/2) Bud fait les frais de l'hostilité déclarée entre Harm et Mic. Lorsqu'ils se retrouvent face à face dans et au dehors de la salle d'audience. Le témoignage de Jenny, prend Harm par surprise.

Episode 17 : People vs. Gunny Problèmes au bureau du JAG : le nouvel attaché administratif, le sergent artilleur Galindez (Gunny) est inculpé d'agression caractérisée, après qu'il a pris part à une altercation à l'entrée d'un bar gay, alors qu'il n'était pas en service. Il s'avère que le Quartier Maître Tiner est également impliqué dans l'affaire, il serait venu en aide à son compagnon qui se battait avec Gunny. Mac est confronté à la loi du silence imposée dans ces cas là, tandis que au bureau, les attitudes changent imperceptiblement comme on suspecte que Tiner soit gay.

Episode 18 : The Bridge at Kang So Ri Harm et Mac sont chargés d'enquêter sur des GI's américains qui auraient tiré sur ds civils durant la guerre de Corée. Ils prennent un avion pour la Corée, accompagnés par un vétéran qui affirme avoir participé à la fusillade. L'avion est pris en otage par des Coréens : ils veulent punir les coupables.

Episode 19 : Promises Harm et Mac sont face à face au tribunal. Une femme matelot accusée de désertion, affirme qu'elle est partie parce que le recruteur lui a menti à propos des devoir qu'elle allait devoir remplir. Pendant ce temps, Chegwidden se charge du dossier de l'un de ses anciens camarades, dont l'impressionnante carrière est mise en péril par les effet secondaires du Viagra.

Episode 20 : Drop Zone Mac est chargée de la mise en accusation d'un SEAL instructeur parachutiste accusé d'avoir causé la mort par noyade de l'un de ses para. Un dossier, contenant des informations auquelles en tant que procureur elle n'a pas accès vient mystérieusement en sa possession. Mais la tentation est trop forte et Sarah jette un coup d'oeil au dossier, elle y découvre des preuves qui amènent de l'eau à son moulin ...

Episode 21 : Witches of Gulfport Mac enquête en sous-marin pour venir en aide à Harm qui est chargé d'un cas de tentative de viol impliquant le premier maître Merker, leader d'un groupe de wiccans (sorciers adepte de la magie wiccane.) auquel nombre d'officiers de marine adhèrent. Le matelot qui a porté plainte (une femme) jure qu'elle a été séduite par le premier maître qui lui a lancé un sort pour abuser d'elle. Le premier maître lui, affirme que la femme était consentante. L'avocat de Merker est doué et fait passer son client pour une victime, mais Mac, découvre qu'une autre femme a été la victime des assaults de l'officier-marinier... Elle la persuade de témoigner.

Episode 22 : Overdue and Presumed Lost Chegwidden et Rabb, se battent contre un fouilleur d'épave qui souhaite remonter les reste d'un sous-marin coulé en 1941 lors de la bataille de Pearl Harbor. Pendant ce temps, Bud représente un quartier maître obèse qui faute de pouvoir perdre du poid se voit menacé d'un renvoi à la vie civile.

Episode 23 : Real Deal SEAL Lt Curtis Rivers, le SEAL décoré de la Médaille d'Honneur réapparaît dans cet épisode où il est accusé d'avoir boxé un membre du Congrès qui clamait avoir été un commando de marine. Curtis avait découvert que l'affirmation était fausse. Harm est chargé de le défendre. Interrogé, Rivers révèle qu'il se consacre à démasquer les gens qui se prétendent faussement membre des SEALs. Pour que Harm comprenne son point de vue, il le met au centre d'un dangereux traquenard, monté par lui pour faire se découvrir un autre faux commando. Rivers assure à Harm qu'il est en sécurité, entre deux véritables anciens membres de ce corps d'élite de la marine. Mais Curtis se retrouve seul au tribunal, lorsuqe Harm se retrouve, lui, à courir derrière un assassin présumé.

Episode 24 : Body Talk Harm réouvre une affaire de meurtre vieille de plus de dix ans. Un cas qui contre toute attente implique son amie pathologiste, le capitaine de corvette Theresa Coulter. Il semble que l'avocat de l'époque n'ai pas voulu chercher trop loin, et Harm décide de mener l'enquête : les choses prennent une toute autre tournure.

Episode 25 : Surface Warfare Harm, Mac, Bud et l'Amiral joignent leurs efforts pour laver de tout soupçon Mickey, le frère de Bud, accusé d'être à l'origine d'un incident qui à failli coûter la vie à un marine durant des manoeuvres sur la côte de Floride.